Yayasan memiliki tugas melakukan pembinaan kepada institusi melalui Pengurus Yayasan. Pengurus Yayasan bertanggung jawab kepada Pembina Yayasan. Semua kegiatan Yayasan diawasi oleh Pengawas Yayasan. Yayasan berwenang mengangkat/memberhentikan Rektor melalui tata cara pengangkatan dan pemberhentian ketua yang telah ditetapkan oleh Dewan Pengurus Yayasan dengan memperhatikan peraturan perundang – undangan yang berlaku. Selain itu Yayasan memiliki wewenang mengangkat dan memberhentikan Wakil Rektor dengan koodinasi dengan Rektor.
Senat Akademik memiliki wewenang menetapkan kebijakan-kebijakan dalam bidang akademik untuk dijadikan acuan dalam penyelenggaraan dan pengembangan kegiatan akademik institusi. Senat Akademik juga memiliki tugas memantau dan menilai kinerja akademik.
Sebagai penanggungjawab tertinggi di Universitas AMIKOM Yogyakarta dalam upaya perwujudan visi, pelaksanaan misi dan tujuan yang pada akhirnya bertanggung jawabkan kepada Yayasan dan masyarakat.
Bertugas membantu Rektor dalam memimpin dan mengkoordinasikan pelaksanaan dalam bidang Akademik.
Bertugas membantu Rektor dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang administrasi umum, pengembangan sarana & prasarana, administrasi keuangan, kepegawaian, pelayanan teknis dan pengembangan Tehnologi Informasi dan Komputer.
Bertugas membantu Rektor dalam urusan kemahasiswaan di bidang penalaran, pengabdian masyarakat, keorganisasian, pengembangan minat dan bakat, serta kerohanian.juga membantu dalam urusan penelitian pengembangan, pengabdian masyarakat, menjalin hubungan baik antar lembaga pendidikan, dengan mitra usaha, juga perusahaan/instansi pengguna jasa alumni.
Bertugas membantu Rektor dalam urusan kerjasama dalam dan luar negeri serta pengembangan.
Bertugas untuk mengelola program studi yang ada di fakultas masing-masing.
Pasca Sarjana memiliki wewenang manajemen pada Magister Teknik Informasi (MTI) Universitas AMIKOM Yogyakarta. Pasca Sarajana memiliki wewenang melakukan pengelolaan kegiatan belajar mengajar, pembinaan terhadap dosen dan staf administratif serta penilaian terhadap kinerja dosen dan staf MTI. Mengkoordinasikan fungsi, tugas dan tanggungjawab dosen tetap maupun dosen tamu.
Innovation Center bertugas merencanakan dan membangun infrastruktur jaringan komputer dan jalur komunikasi internal serta koneksi ke jaringan luar institusi. IC juga bertugas mengembangkan berbagai Sistem Informasi untuk kebutuhan institusi.
Bagian Penelitian bertugas mendorong dan melestarikan kegiatan penelitian dilingkungan sivitas akademika Fakultas Ilmu Komputer Yogyakarta. Mengembangkan kegiatan dan sistem yang dibutuhkan dilingkungan kampus maupun masyarakat. Mengkoordinasikan kegiatan penelitian dengan mahasiswa, dosen maupun karyawan.
Bagian Pengabdian Masyarakat bertugas mendorong dan melestarikan kegiatan pengabdian masyarakat dilingkungan sivitas akademika Fakultas Ilmu Komputer Yogyakarta. Mengembangkan kegiatan dan sistem yang dibutuhkan dilingkungan kampus maupun masyarakat. Mengkoordinasikan kegiatan pengabdian masyarakat dengan mahasiswa, dosen maupun karyawan.
Bertugas mengelola karyawan, mengatur strategi pembinaan dan pengembangan potensi karyawan, mengembangkan strategi peningkatan kesejahteraan pimpinan, dosen dan karyawan.
Bertugas mengelola dokumen, legal serta surat menyurat institusi baik internal maupun eksternal.
Humas bertugas melakukan pembinaan hubungan baik antar sivitas akademika, pembinaan hubungan dengan sesama lembaga pendidikan, pembinaan hubungan dengan mitra usaha dan perusahaan / instansi (negeri maupun swasta).
Penjamin Mutu merupakan unit kerja yang secara khusus bertugas untuk menyiapkan, merencanakan, merancang, menetapkan, melaksanakan, mengendalikan, mengevaluasi dan mengembangkan Sistem Penjaminan Mutu Institusi
Merupakan berbagai unit yang berfungsi selain sebagai unit bisnis AMIKOM sekaligus laboratorium praktek industri bagi mahasiswa.
BAU bertugas melakukan manajemen keuangan lembaga, melakukan perhitungan dan pembayaran gaji pimpinan, dosen dan karyawan.
BAAK bertugas memimpin manajemen administasi data kemahasiswaan, pengaturan/penjadwalan kegiatan perkuliahan dan ujian.
BRT bertugas melakukan manajemen administrasi umum untuk keperluan kerumahtanggan lembaga, pengatuan penggunaan/pemanfaatan dan pemeliharaan fasilitas lembaga.
Bagian kemahasiswaan bertugas manajemen, pembinaan dan administrasi berbagai badan dan unit kegiatan mahasiswa.
Business Placement Center (BPC) dibawah pembinaan PK III, bertugas menjalin hubungan antar alumni untuk menambah kontak relasi dengan perusahaan/instansi penyerap alumni (lulusan Fakultas Ilmu Komputer), menjalin kerjasama dengan perusahaan-perusahaan/instansi untuk meningkatkan jumlah penyerapan tenaga kerja dari alumni.
Merupakan bagian yang bertugas manajemen dan administrasi koleksi buku, jurnal ilmiah, majalah dan berbagai pustakaan lain yang terdapat di perpustakaan AMIKOM.
Program Studi dalam hal ini adalah Ketua Program Studi dibantu Sekretaris Program Studi bertugas mengelola kegiatan belajar mengajar. Program Studi memiliki wewenang melakukan pembinaan terhadap dosen dan staf administratif jurusan. Memberikan masukan dan penilaian terhadap kinerja dosen dan staf jurusan. Mengkoordinasikan fungsi, tugas dan tanggungjawab dosen tetap maupun dosen tamu.
Bertugas mengelola berbagai laboratorium yang dimiliki AMIKOM termasuk didalamnya adalah pengelolaan penggunaan dan perawatan
